iCloudとの接続エラーはアプリのバグだったようで、今回のアップデートで直りました。 あとは様子見、というところでしょうか。 自分の環境(iPhone5、iOS6.1.3)で、SkyDriveにサインインするときに内部エラーが出るときがあり、再インストールや端末の再起動を繰り返したら、正常に入れるようになりました。 あるいはSkyDriveのシステムの不調だったかもしれません。
元iPhoneユーザー about iFiles, v1.11.0